Wydawać by się mogło, że jama ustna jest mało ciekawym, dość pustym miejscem, zawierającym jedynie język i różną ilość zębów. Tymczasem stanowi siedlisko rozmaitych form życia, toczących nieustanną walkę o pokarm i przetrwanie. Ponad 700 gatunków bakterii rywalizuje zarówno ze sobą, jak i z wieloma rodzajami grzybów, a nasz układ odpornościowy utrudnia im życie.
Czy nie należałoby się więc pozbyć tych wszystkich pasażerów na gapę, korzystających z resztek po naszych posiłkach? Nie jest to możliwe, a przynajmniej nie na długo. Jama ustna stanowi bezpośrednie połączenie ze światem zewnętrznym, a więc z całym mnóstwem mikroorganizmów, które szybko ponownie by się do niej dostały, chociażby wraz z jedzeniem. Poza tym nie wszystkie bakterie są groźne. Większość z nich korzysta jedynie z resztek pokarmowych nie czyniąc nam krzywdy, za to stanowi silną konkurencję dla gatunków chorobotwórczych, którym trudno przez to osiągnąć liczebność zagrażającą naszemu zdrowiu. Można więc powiedzieć, że w zdrowej jamie ustnej panuje delikatna, niezauważalna gołym okiem homeostaza, czyli równowaga, dodatkowo wspierana przez nasz układ odpornościowy.
Zatem co może tę równowagę zaburzyć i czym to grozi? Nadużywanie bakteriobójczych płynów do płukania ust, czy długotrwała antybiotykoterapia może doprowadzić do spadku liczebności bakterii do poziomu, gdzie przewagę uzyskają grzyby. Dochodzi zatem do rozwoju grzybicy. Najpopularniejszym gatunkiem jest Candida albicans, dlatego choroba ta bywa znana pod nazwą kandydozy. Najczęściej objawia się powstawaniem białych nalotów na śluzówkach, głównie na języku, będących niczym innym jak grzybnią, czyli rozległą kolonią grzybiczych komórek. Inne objawy to suchość w jamie ustnej, pieczenie, zaburzenia smaku. Konieczne staje się zastosowanie leków przeciwgrzybiczych, aby odtworzyć homeostazę w jamie ustnej.
Zaawansowaną próchnicę, obejmującą wiele zębów, można również zaliczyć do zaburzeń równowagi mikrobiomu jamy ustnej. Liczne ubytki próchnicowe stanowią miejsce bytowania bakterii próchnicotwórczych ze Streptococcus mutans na czele. Dobra higiena jamy ustnej pozwala kontrolować ich liczebność poprzez pozbawienie ich pokarmu – cukru z resztek jedzenia. Jednak głębokie ubytki są niedostępne dla włosia szczoteczki, nici dentystycznej, irygatorów i płukanek. Dlatego poprawa higieny może okazać się niewystarczająca do przywrócenia równowagi, gdyż ślina będzie szybko reinfekowana z ubytków próchnicowych. Znacząco zwiększa to ryzyko powstawania próchnicy w innych miejscach. Konieczne staje się opracowanie i wypełnienie ubytków przez dentystę, aby przywrócić homeostazę, a także dobra higiena jamy ustnej, aby ją utrzymać.
Znacznie rzadszym przykładem zaburzenia równowagi jest martwiczo-wrzodziejące zapalenie dziąseł. Za główną przyczynę uznaje się silny stres, skutkujący podwyższonym poziomem kortyzolu we krwi, co z kolei upośledza działanie układu odpornościowego. Umożliwia to uzyskanie liczebnej przewagi przez bakterie beztlenowe, krętki i wrzecionowce. Choroba objawia się powstawaniem bardzo bolesnych nadżerek i owrzodzeń na dziąsłach, czasem uniemożliwiających spożywanie posiłków, silnym krwawieniem z dziąseł, nieprzyjemnym zapachem z ust i niekiedy gorączką. Palenie papierosów, uboga dieta i zła higiena jamy ustnej pogarsza przebieg choroby. Martwiczo-wrzodziejące zapalenie dziąseł najczęściej występuje wśród żołnierzy poborowych i studentów w trakcie sesji egzaminacyjnych.
Wrodzone i nabyte zaburzenia odporności pozwalają mikroorganizmom na niekontrolowane namnażanie się i wywoływanie różnego rodzaju chorób. Także choroby autoimmunologiczne, jak pęcherzyca czy pemfigoid, mogą dawać objawy w jamie ustnej. Te jednostki chorobowe wymagają już leczenia wielospecjalistycznego.